农牧系成立于2003年，是在适应阜新地区经济转型和服务于国家现代农牧产业经济发展需要的背景下成立，其前身为阜新高等专科学校农业职业技术学院，学院成立得到阜新市委、市政府的高度重视，被列为“市长工程”，在师资引进、教学设备购置、实训基地建设等方面给予了政策性支持和资金的投入。2010年为加快地方大学建设速度优化学校系部设置更名为农牧系。